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北京协和医学院的非临床研究生毕业证书上会同时出现清华大学和协和医学院的印章这是因为协和医学院和清华大学在研究生教育方面有着紧密的合作关系协和医院的博士毕业生会获得医学博士学位MD理学博士PHD则通常由协和医学院基础医学院或其他类似机构的博士生获得，这些机构会在毕业证书上盖上自己的。
协和研究生毕业证上并未印刻清华大学的印章，而是仅标注为清华大学医学部这一变化源于两校的合并，合并后统称清华大学医学部在整体学校体系中，已不存在清华大学的独立印章不过，毕业证上会特别注明“清华大学医学部”，强调此学历仍归属于北京协和医学院。
因与清华达成合作办学，北京协和医学院临床医学八年制专业的招生计划纳入清华大学的总招生计划，两校均可使用“北京协和医学院清华大学医学部”这一名称，基于这一名称，形成名义上985与211协和护理专业的本科专科没有纳入合作，毕业证盖北京协和医学院的公章2013年临床全国招90人，护理本科60人。
北京协和医学院非临床研究生毕业证是为清华大学双章协和医院的博士拿的是医学博士学位MD，理学博士PHD应该是类似协和医学院基础医学院这样的机构的博士生拿的，应该盖相应机构的章比如协和医学院基础医学院就盖基础医学院的章，肿瘤研究所就盖肿瘤研究所的章简介清华大学医学部，前身清华大学。
北京协和医学院非临床医学的学生和研究生毕业证书和学位证书盖“北京协和医学院”的公章北京协和医学院Peking Union Medical College是中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会直属的唯一一所重点医科大学，与中国医学科学院院校一体，是中国国家级医学科学学术中心和综合性科学研究机构quot卓越医生教育培养。
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